楠木赖子（高桥美佳子 配音）是个14岁的初中生，在班上没什么朋友，但偶然得到班上极为耀目的美少女柚木加菜子（戸松遥 配音）的青睐，两人成为朋友，不料相约乘电车去看湖时飞来横祸，加莱子落下站台被列车轧成重伤。刑警木场修太郎（关贵昭 配音）调查此案，发现加莱子似乎有着神秘的重要身 份，同时以多摩为中心，整片地区陆续发现许多被分尸的尸体残块，关注整个事件的中禅寺敦子（桑岛法子 配音）、关口巽（木内秀信 配音）、鸟口守彦（浪川大辅 配音）为了写出内幕报道，调查中在森林中发现古怪建筑物，如巨大的匣子，一切谜底的最终还要靠京极堂（平田広明 配音）揭开……

原是生驹屋少主的山冈百介（关俊彦 配音），因着迷于奇闻怪谈而放弃了祖业，成为一个云游四方的作家，收集各种怪谈故事撰写《巷说百物语》。在一个雨夜，他遇到了一个神秘的三人组：擅长骗术的御行师又市先生（中尾隆圣 配音），擅长操纵玩偶的傀儡师阿银小姐（小林沙苗 配音）以及擅长鸟寄的模仿师长耳先生（若本规夫 配音）。他们行踪飘忽，随时出现又随时消失，他们现身之处往往流传着神秘诡异的灵异事件。因缘巧合之下，百介跟随他们进入了黑暗世界中，见证了一系列诡异的事件。而这些怪谈故事，也就为他撰写《百物语》提供了素材。百介所经历的种种事件中，里面的鬼怪往往是日常生活中扭曲的人性所变成的。三人组用他们独有的手段将那些人性罪恶暴露于人前。

由于父母离异，刚满10岁的忠志（神木隆之介饰）只好跟母亲来到乡下跟外公一起生活。一次偶然，忠志参拜神社时被选为“麒麟送子”。当地有个传说，被选为麒麟送子的孩子可在大天狗山顶，拿到传说中大天狗守护的飞剑。传说那飞剑是用来维护和平的，伙伴们揶揄他不敢上大天狗山取麒麟送子的宝剑。他在尝试一半后，被吓回来。　　另一方面，千年魔人加藤保宪（丰川悦司饰）复活，他利用废旧物品的怨气，将其与抓来的妖怪们扔到大怨灵炼火中融合形成邪恶的怪物军团，并率领它们企图毁灭人类。在山神、河童和川姬等妖怪的努力下，忠志通过了考验。为了保卫世界，忠志决定和妖怪们齐心合力，和大恶人决一死战，妖怪大战争正式展开！